В статье рассматривается инновационное развитие транзитных перевозок на железнодорожном транспорте Казахстана, включая управление внутренними, экспортно-импортными и транзитными грузоперевозками. В исследовании выявлена необходимость создания современной транспортной инфраструктуры Казахстана для привлечения транзитных грузопотоков. В настоящее время специалисты в Казахстане выделяют следующие вопросы для железнодорожного транспорта: ограниченные международные перевозки, ограниченное технологическое развитие, недостаточно развитые интермодальные перевозки, низкий уровень транспортных и логистических услуг, некомпетентное количество транспортных средств и устаревший их парк. Вместе с тем в развитых странах логистика вносит значительный вклад в ВВП, в Казахстане она пока находится на низком уровне. В статье рассматриваются кардинальные изменения всех технологических и бизнеспроцессов на казахстанском железнодорожном транспорте, основанных на внедрении нового подвижного состава, эффективных объектов технологической инфраструктуры, интеллектуальных систем управления перевозочным процессом и других технологических и организационных инноваций. Основная особенность железнодорожного транспорта заключается в том, что он влияет на темпы и масштабы инновационной деятельности на предприятиях отрасли, поэтому железные дороги относятся к инфраструктуре и ориентированы на их основное обслуживание. Изучается необходимость указанных изменений в повышении конкурентоспособности предприятий целевой отрасли, роста эффективности их функционирования и инвестиционной привлекательности. В этом контексте одной из важных и сложных задач является разработка подходов к управлению развитием инновационной активности на предприятиях отрасли. Рассмотрен комплекс организационных и экономических мер в отношении предприятий железнодорожного транспорта со стороны органов государственного управления по управлению инновационным развитием транзитных перевозок, формированию внутренних и внешних условий роста инновационной активности.