В условиях трансформации экономики и необходимости технологической модернизации Казахстан сталкивается с задачей формирования эффективной корпортивной инновационной системы (КИС). Целью данного исследования является анализ текущего состояния корпоративной инновационной системы, выявление барьеров и институциональных ограничений, а также разработка практических решений по их преодолению. Исследование основано на эмперическом анализе динамики инновационной активности, отраслевых и региональных диспропорций, структуры инвестиций и институциональных ограничений, влияющих на развитие корпоративных инноваций в Казахстане. В результате предложены две взаимодополняющие модели управления: государственно-корпоративная модель, ориентированная на институциональную поддержку и координацию инновационной инфраструктуры, и цифровая венчурная модель, основанная на частной инициативе и гибких рыночных механизмах. Установлено, что наиболее эффективным вариантом является поэтапный комбинированных подход, предпологающий постепенный переход от доминирования государственных стимулов к устойчивой и саморегулируемой инновационной архитектуре. Ценность исследования заключается в обосновании институциональной природы существующих ограничений и в предложении управленческой рамки, связывающей инструменты инновационной политики с уровнем корпоративной и региональной инновационной зрелости. Научная новизна исследования заключается в разработке системных моделей управления КИС, а практическая значимость определяется возможностью применения данных моделей при формировании национальных стратегий, отраслевых дорожных карт и программ развития корпоративных инноваций.